| 51 | Sekolah TinggiAgama Islam Negeri (STAIN) Kediri | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 52 | STAI Bani Saleh Bekasi | Sekolah tinggi | 2002 | Islam |
| 53 | STAI Hubbulwathan Duri | Sekolah tinggi | 1990 | Islam |
| 54 | STAI Miftahul Ula | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 55 | STAI Muhamadiyah Tulungagung | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 56 | STAI Tuanku Tambusai | Sekolah tinggi | 2002 | Islam |
| 57 | STAIN Curup | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 58 | STAIN Kudus | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 59 | STAIN Palangka Raya | Sekolah tinggi | 2014 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 60 | STAIN Pamekasan | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 61 | STAIN Ponorogo | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 62 | State Institute of Islamic Studies Imam Bonjol Padang | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 63 | State Islamic University (UIN) Mataram | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 64 | State Islamic University (UIN) of Sunan Ampel Surabaya | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 65 | State Islamic University Sultan Syarif Kasim | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 66 | UIN Alauddin Makassar | Universitas | 1965 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 67 | UIN Ar-Raniry | Universitas | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 68 | UIN Madura | Universitas | 2018 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 69 | UIN Maulana Malik Ibrahim | Universitas | 2004 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 70 | UIN Raden Intan Lampung | Universitas | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 71 | UIN Sultan Syarif Kasim Riau | Universitas | 2005 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 72 | UIN Sulthan Thaha Saifuddin | Universitas | 1967 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 73 | UIN Walisongo | Universitas | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 74 | Universitas Al Asyariah Mandar | Universitas | 2004 | Islam |
| 75 | Universitas Hindu Indonesia | Universitas | 1963 | Hindu |
| 76 | Universitas Hindu Negeri I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar | Universitas | 2020 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 77 | Universitas Islam 45 | Universitas | 1982 | Islam |
| 78 | Universitas Islam Al-Azhar Mataram | Universitas | 1984 | Islam |
| 79 | Universitas Islam Al-Ihya Kuningan | Universitas | 2014 | Islam |
| 80 | Universitas Islam As-Syafiiyah | Universitas | 1984 | Islam |
| 81 | Universitas Islam Attahiriyah | Universitas | — | Islam |
| 82 | Universitas Islam Balitar | Universitas | 2003 | Islam |
| 83 | Universitas Islam Bandung | Universitas | 1958 | Islam |
| 84 | Universitas Islam Batik | Universitas | 1983 | Islam |
| 85 | Universitas Islam Darul Ulum Lamongan | Universitas | 1986 | Islam |
| 86 | Universitas Islam Indonesia | Universitas | 1947 | Islam |
| 87 | Universitas Islam Indragiri | Universitas | 2008 | Islam |
| 88 | Universitas Islam Internasional Darullugha Wadda'wah | Universitas | 2022 | Islam |
| 89 | Universitas Islam Internasional Indonesia | Universitas | 2016 | Islam |
| 90 | Universitas Islam Jakarta | Universitas | 1950 | Islam |
| 91 | Universitas Islam Jember | Universitas | 1984 | Islam |
| 92 | Universitas Islam Kadiri | Universitas | 1983 | Islam |
| 93 | Universitas Islam Kalimantan Muhammad Arsyad Al-Banjary | Universitas | 1981 | Islam |
| 94 | Universitas Islam Kebangsaan Indonesia | Universitas | 2019 | Islam |
| 95 | Universitas Islam Kuantan Singingi | Universitas | 2001 | Islam |
| 96 | Universitas Islam Labuhan Batu | Universitas | 1998 | Islam |
| 97 | Universitas Islam Lamongan | Universitas | 1991 | Islam |
| 98 | Universitas Islam Madura Pamekasan | Universitas | 1988 | Islam |
| 99 | Universitas Islam Majapahit | Universitas | 1999 | Islam |
| 100 | Universitas Islam Makassar | Universitas | 2000 | Islam |