| 1 | IAI Ma'arif NUMetro Lampung | — | Nahdlatul Ulama |
| 2 | IAIN Ambon | 1982 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 3 | IAIN Ar-Raniry | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 4 | IAIN Fattahul Muluk Papua | 2006 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 5 | IAIN Kendari | 2014 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 6 | IAIN Pekalongan | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 7 | IAIN Raden Intan Lampung | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 8 | IAIN Salatiga | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 9 | IAIN Sultan Amai | 2004 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 10 | Indonesian Institute for Counseling, Education and Therapy (IICET) | 2009 | — |
| 11 | Institut Agama Hindu Negeri Tampung Penyang | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 12 | Institut Agama Islam Ma'arif NU (IAIMNU) Metro Lampung | 2013 | Nahdlatul Ulama |
| 13 | Institut Agama Islam Nahdlatul Ulama Kebumen | 1987 | Nahdlatul Ulama |
| 14 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Batusangkar | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 15 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Curup | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 16 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Salatiga | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 17 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Samarinda | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 18 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sultan Amai Gorontalo | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 19 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Surakarta | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 20 | Institut Agama Islam Negeri Kediri | 2018 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 21 | Institut Agama Islam Negeri Kendari | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 22 | Institut Agama Islam Negeri Langsa | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 23 | Institut Agama Islam Negeri Madura | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 24 | Institut Agama Islam Negeri Metro | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 25 | Institut Agama Islam Negeri Pekalongan | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 26 | Institut Agama Islam Negeri Ponorogo | 2016 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 27 | Institut Agama Islam Negeri Raden Intan Lampung | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 28 | Institut Agama Islam Syarifuddin | — | Islam |
| 29 | Institut Agama Islam Tribakti Kediri | 2022 | Islam |
| 30 | Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien | 2002 | Islam |
| 31 | Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 32 | Institut Hindu Dharma Negeri Denppasar | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 33 | Institut Hukum Bisnis dan Manajemen | 1990 | — |
| 34 | Institut Ilmu Al-Qur'an | — | — |
| 35 | Institut Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Jakarta | 1953 | — |
| 36 | Institut Informatika Indonesia | — | — |
| 37 | Institut Kesehatan Suaka Insan | 2006 | — |
| 38 | Institut Manajemen Telkom | 1990 | — |
| 39 | Institut Pertanian Bogor | 1963 | — |
| 40 | Institut Sains dan Teknologi Terpadu Surabaya | 2019 | — |
| 41 | Institut Seni Budaya Indonesia Aceh | 2014 | — |
| 42 | Institut Seni Budaya Indonesia Bandung | 1968 | — |
| 43 | Institut seni budaya indonesia tanah papua | 2014 | — |
| 44 | Institut Seni Indonesia | — | — |
| 45 | Institut Seni Indonesia Denpasar | 2003 | — |
| 46 | Institut Seni Indonesia Padang Panjang | 1999 | — |
| 47 | Institut Seni Indonesia Surakarta | 2006 | — |
| 48 | Institut Seni Indonesia Yogyakarta | 1984 | — |
| 49 | Institut Teknologi & Sains Nahdlatul Ulama Pasuruan | — | Nahdlatul Ulama |
| 50 | Institut Teknologi Bacharuddin Jusuf Habibie | 2014 | — |