| 1 | Horizon University Indonesia | 1991 | — |
| 2 | I3L University | 2013 | — |
| 3 | Islamic University of Indragiri | — | Islam |
| 4 | Sampoerna University | 2013 | — |
| 5 | Surya University | 2013 | — |
| 6 | UIN Alauddin Makassar | 1965 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 7 | UIN Ar-Raniry | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 8 | UIN Madura | 2018 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 9 | UIN Maulana Malik Ibrahim | 2004 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 10 | UIN Raden Intan Lampung | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 11 | UIN Sultan Syarif Kasim Riau | 2005 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 12 | UIN Sulthan Thaha Saifuddin | 1967 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 13 | UIN Walisongo | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 14 | Universitas Harapan Bangsa | 2018 | — |
| 15 | Universitas 'Aisyiyah Bandung | 2020 | Muhammadiyah dan Aisyiyah |
| 16 | Universitas 'Aisyiyah Surakarta | 2020 | Muhammadiyah dan Aisyiyah |
| 17 | Universitas 'Aisyiyah Yogyakarta | 2003 | Muhammadiyah dan Aisyiyah |
| 18 | Universitas 17 Agustus 1945 Banyuwangi | 1980 | — |
| 19 | Universitas 17 Agustus 1945 Cirebon | 1962 | — |
| 20 | Universitas 17 Agustus 1945 Jakarta | 1952 | — |
| 21 | Universitas 17 Agustus 1945 Samarinda | 1996 | — |
| 22 | Universitas 17 Agustus 1945 Semarang | 1963 | — |
| 23 | Universitas 17 Agustus 1945 Surabaya | 1958 | — |
| 24 | Universitas 19 November Kolaka | 1984 | — |
| 25 | Universitas 45 Makassar | 1985 | — |
| 26 | Universitas 45 Mataram | 1983 | — |
| 27 | Universitas 45 Surabaya | 1985 | — |
| 28 | Universitas Abdurachman Saleh Situbondo | 2018 | — |
| 29 | Universitas Abdurrab | 2005 | — |
| 30 | Universitas Achmad Yani | 1983 | — |
| 31 | Universitas Adhirajasa Reswara Sanjaya | 2019 | — |
| 32 | Universitas Adiwangsa Jambi | 2017 | — |
| 33 | Universitas Advent Indonesia | 1949 | — |
| 34 | Universitas Adzkia | 2009 | — |
| 35 | Universitas Ahmad Dahlan | 1994 | — |
| 36 | Universitas Airlangga | 1954 | — |
| 37 | Universitas Aisyah Pringsewu | 2019 | — |
| 38 | Universitas Aki | 1994 | — |
| 39 | Universitas Al Asyariah Mandar | 2004 | Islam |
| 40 | Universitas Al Azhar Indonesia | 2000 | — |
| 41 | Universitas Al Azhar Medan | 1983 | — |
| 42 | Universitas Al Hikmah Jepara | 2021 | — |
| 43 | Universitas Al Washliyah | — | — |
| 44 | Universitas Al-Falah As-Sunniyah | 2022 | — |
| 45 | Universitas Al-Ghifari | 2002 | — |
| 46 | Universitas Al-Irsyad Cilacap | 2021 | — |
| 47 | Universitas Al-Khairiyah | 2020 | — |
| 48 | Universitas Al-Muslim | 2003 | — |
| 49 | Universitas Alkhairaat | 1963 | — |
| 50 | Universitas Alma Ata | 2006 | — |