| 1 | IAI Ma'arif NUMetro Lampung | Institut | — | Nahdlatul Ulama |
| 2 | IAIN Ambon | Institut | 1982 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 3 | IAIN Ar-Raniry | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 4 | IAIN Fattahul Muluk Papua | Institut | 2006 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 5 | IAIN Kendari | Institut | 2014 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 6 | IAIN Pekalongan | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 7 | IAIN Raden Intan Lampung | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 8 | IAIN Salatiga | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 9 | IAIN Sultan Amai | Institut | 2004 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 10 | Institut Agama Hindu Negeri Tampung Penyang | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 11 | Institut Agama Islam Ma'arif NU (IAIMNU) Metro Lampung | Institut | 2013 | Nahdlatul Ulama |
| 12 | Institut Agama Islam Nahdlatul Ulama Kebumen | Institut | 1987 | Nahdlatul Ulama |
| 13 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Batusangkar | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 14 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Curup | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 15 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Salatiga | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 16 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Samarinda | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 17 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sultan Amai Gorontalo | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 18 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Surakarta | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 19 | Institut Agama Islam Negeri Kediri | Institut | 2018 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 20 | Institut Agama Islam Negeri Kendari | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 21 | Institut Agama Islam Negeri Langsa | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 22 | Institut Agama Islam Negeri Madura | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 23 | Institut Agama Islam Negeri Metro | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 24 | Institut Agama Islam Negeri Pekalongan | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 25 | Institut Agama Islam Negeri Ponorogo | Institut | 2016 | Negeri (disebut dalam nama) |
| 26 | Institut Agama Islam Negeri Raden Intan Lampung | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 27 | Institut Agama Islam Syarifuddin | Institut | — | Islam |
| 28 | Institut Agama Islam Tribakti Kediri | Institut | 2022 | Islam |
| 29 | Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien | Institut | 2002 | Islam |
| 30 | Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 31 | Institut Hindu Dharma Negeri Denppasar | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 32 | Islam Institut Agama Islam Negeri Sultan Maulana Hasanuddin | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 33 | Islamic University of Indragiri | Universitas | — | Islam |
| 34 | Postgraduate State Institute on Islamic Studies Purwokerto | Institut | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 35 | Sekolah Tinggi Agama Islam At Tahdzib Jombang | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 36 | Sekolah Tinggi Agama Islam Kudus | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 37 | Sekolah Tinggi Agama Islam Mempawah | Sekolah tinggi | 2012 | Islam |
| 38 | Sekolah Tinggi Agama Islam Miftahul Ula | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 39 | Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kudus | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 40 | Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pekalongan | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 41 | Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Batusangkar | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 42 | Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Prof. Dr. H. Mahmud Yunus. | Sekolah tinggi | — | Negeri (disebut dalam nama) |
| 43 | Sekolah Tinggi Agama Islam Taruna Surabaya | Sekolah tinggi | 2011 | Islam |
| 44 | Sekolah Tinggi Alkitab Tiranus | Sekolah tinggi | — | Kristen |
| 45 | Sekolah Tinggi Ekonomi dan Bisnis Islam Persatuan Ummat Islam Bogor | Sekolah tinggi | 2016 | Islam |
| 46 | Sekolah Tinggi Filsafat Islam Sadra | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 47 | Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Muhammadiyah Pacitan | Sekolah tinggi | — | Muhammadiyah dan Aisyiyah |
| 48 | Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Al-Urwatul Wutsqo Jombang | Sekolah tinggi | — | Islam |
| 49 | Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Nahdlatul Ulama Al Hikmah Mojokerto | Sekolah tinggi | — | Nahdlatul Ulama |
| 50 | Sekolah Tinggi Teologi Gereja Kalimantan Evangelis | Sekolah tinggi | — | Kristen |