| 1 | Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Muhammadiyah Pacitan | Sekolah tinggi | — |
| 2 | Sekolah Tinggi Teknologi Muhammadiyah Kebumen | Sekolah tinggi | 2001 |
| 3 | STIKES PKU Muhammadiyah Surakarta | Sekolah tinggi | — |
| 4 | STKIP Muhammadiyah Pringsewu | Sekolah tinggi | — |
| 5 | Universitas 'Aisyiyah Bandung | Universitas | 2020 |
| 6 | Universitas 'Aisyiyah Surakarta | Universitas | 2020 |
| 7 | Universitas 'Aisyiyah Yogyakarta | Universitas | 2003 |
| 8 | Universitas Muhammadiyah | Universitas | — |
| 9 | Universitas Muhammadiyah Aceh | Universitas | 1987 |
| 10 | Universitas Muhammadiyah Bandung | Universitas | 2016 |
| 11 | Universitas Muhammadiyah Bangka Belitung | Universitas | 2020 |
| 12 | Universitas Muhammadiyah Banten | Universitas | 2020 |
| 13 | Universitas Muhammadiyah Bengkulu | Universitas | 1991 |
| 14 | Universitas Muhammadiyah Berau | Universitas | 2020 |
| 15 | Universitas Muhammadiyah Bone | Universitas | 2020 |
| 16 | Universitas Muhammadiyah Bulukumba | Universitas | 2019 |
| 17 | Universitas Muhammadiyah Buton | Universitas | 2001 |
| 18 | Universitas Muhammadiyah Cirebon | Universitas | 2000 |
| 19 | Universitas Muhammadiyah Enrekang | Universitas | 2020 |
| 20 | Universitas Muhammadiyah Gombong | Universitas | 2021 |
| 21 | Universitas Muhammadiyah Gorontalo | Universitas | 2008 |
| 22 | Universitas Muhammadiyah Jakarta | Universitas | 1955 |
| 23 | Universitas Muhammadiyah Jambi | Universitas | 2019 |
| 24 | Universitas Muhammadiyah Jember | Universitas | 1981 |
| 25 | Universitas Muhammadiyah Kalimantan Timur | Universitas | 2017 |
| 26 | Universitas Muhammadiyah Kendari | Universitas | 2001 |
| 27 | Universitas Muhammadiyah Kolaka Utara | Universitas | 2025 |
| 28 | Universitas Muhammadiyah Kotabumi | Universitas | 2019 |
| 29 | Universitas Muhammadiyah Kudus | Universitas | 2018 |
| 30 | Universitas Muhammadiyah Kupang | Universitas | 1987 |
| 31 | Universitas Muhammadiyah Lamongan | Universitas | 2018 |
| 32 | Universitas Muhammadiyah Lampung | Universitas | 1987 |
| 33 | Universitas Muhammadiyah Luwuk Banggai | Universitas | 2000 |
| 34 | Universitas Muhammadiyah Madiun | Universitas | 2020 |
| 35 | Universitas Muhammadiyah Magelang | Universitas | 1964 |
| 36 | Universitas Muhammadiyah Makassar | Universitas | 1963 |
| 37 | Universitas Muhammadiyah Malang | Universitas | 1964 |
| 38 | Universitas Muhammadiyah Maluku | Universitas | 2020 |
| 39 | Universitas Muhammadiyah Maluku Utara | Universitas | 2001 |
| 40 | Universitas Muhammadiyah Mamuju | Universitas | 2021 |
| 41 | Universitas Muhammadiyah Mataram | Universitas | 1980 |
| 42 | Universitas Muhammadiyah Metro | Universitas | 1967 |
| 43 | Universitas Muhammadiyah Palangkaraya | Universitas | 1987 |
| 44 | Universitas Muhammadiyah Palembang | Universitas | 1979 |
| 45 | Universitas Muhammadiyah Palopo | Universitas | 2019 |
| 46 | Universitas Muhammadiyah Palu | Universitas | 1983 |
| 47 | Universitas Muhammadiyah Papua | Universitas | 2020 |
| 48 | Universitas Muhammadiyah Parepare | Universitas | 1999 |
| 49 | Universitas Muhammadiyah Pekajangan Pekalongan | Universitas | 2019 |
| 50 | Universitas Muhammadiyah Ponorogo | Universitas | 1982 |