| 1 | Sekolah Tinggi Alkitab Tiranus | Sekolah tinggi | — |
| 2 | Sekolah Tinggi Teologi Gereja Kalimantan Evangelis | Sekolah tinggi | — |
| 3 | Universitas Kristen Artha Wacana | Universitas | 1985 |
| 4 | Universitas Kristen Cipta Wacana | Universitas | 1965 |
| 5 | Universitas Kristen Duta Wacana | Universitas | 1962 |
| 6 | Universitas Kristen Immanuel | Universitas | 1982 |
| 7 | Universitas Kristen Indonesia | Universitas | 1953 |
| 8 | Universitas Kristen Indonesia Maluku | Universitas | 1985 |
| 9 | Universitas Kristen Indonesia Paulus | Universitas | 1963 |
| 10 | Universitas Kristen Indonesia Tomohon | Universitas | 1966 |
| 11 | Universitas Kristen Indonesia Toraja | Universitas | 1992 |
| 12 | Universitas Kristen Krida Wacana | Universitas | 1967 |
| 13 | Universitas Kristen Maranatha | Universitas | 1965 |
| 14 | Universitas Kristen Palangkaraya | Universitas | 1987 |
| 15 | Universitas Kristen Papua | Universitas | 1956 |
| 16 | Universitas Kristen Petra | Universitas | 1961 |
| 17 | Universitas Kristen Satya Wacana | Universitas | 1956 |
| 18 | Universitas Kristen Surakarta | Universitas | 1996 |
| 19 | Universitas Kristen Tentena | Universitas | 2007 |
| 20 | Universitas Kristen Wira Wacana Sumba | Universitas | 2015 |